Dr Sven J. SAUPE
Laboratoire de Génétique Moléculaire des Champignons
Institut de Biochimie et de Génétique Cellulaire
UMR CNRS 5095- Université de Bordeaux 2

Conférence 17 décembre 2008
– 16h30 – Faculté de Médecine 

Titre : "Les prions chez les micro-organismes ou
quand les protéines deviennent des gènes"

Les prions de champignons (la levure et les champignons filamenteux) sont d’excellents modèles expérimentaux pour étudier les mécanismes moléculaire et structuraux qui gouvernent la propagation de ces protéines infectieuses. Nous étudions en particulier le modèle prion [Het-s] du champignon filamenteux Podospora anserina. Le matériel infectieux peut être reconstitué in vitro à partir de protéine recombinante assemblée sous forme de fibres amyloïdes. Différentes approches cellulaire, génétique, biochimique et biophysique visant à établir la relation structure-infectivité dans ce système seront présentés. En particulier, il sera question du passage de la barrière d’espèce entre deux orthologues de HET-s et de la caractérisation de corps d’inclusion de HET-s produits dans E. coli.

Pr Marc BLONDEL
U613 – Equipe Levure

Vendredi 12 décembre 2009
de 12 h 30 à 14 h 00
Amphi 4 Faculté de Médecine

"La levure : de la bière et du pain vers des modèles pour différentes pathologies humaines".

Résumé :

Utilisée depuis au moins 6000 ans pour les applications biotechnologiques majeures que sont la fermentation de sucres en alcool et la panification, la levure de boulanger ou de brasseur Saccharomyces cerevisiae constitue également un organisme modèle très utilisé en biologie depuis sa découverte par Pasteur il y a un siècle et demi, et ceci du fait de la grande conservation de la plupart des mécanismes de biologie cellulaire de la levure aux mammifères. Par ailleurs, S. cerevisiae est certainement l’organismes eucaryote pour lequel le plus d’outils techniques est disponible, tant en génétique cellulaire que moléculaire. Pour cette raison, S. cerevisiae a été le premier eucaryote dont le génome a été intégralement séquencé (la séquence complète est disponible depuis avril 1996) initiant ainsi toutes les grandes approches globales en « ique » telles que transcriptomique, protéomique, interactomique, métabolomique etc.. Toutes ces approches globales ont montré que, en plus de la grande conservation de l’essentiel des mécanismes biologiques de la levure à l’homme, les acteurs eux-mêmes (gènes, ARN, protéines) étaient également fréquemment conservés. Ainsi, on estime que au moins un tiers des gènes humains impliqués dans des maladies ont un homologue fonctionnel proche chez la levure. Ces différents parallélismes motivent depuis une dizaine d’années la création de modèles levure pour des pathologies humaines très diverses allant du cancer à des maladies génétiques ou neurodégénératives ou encore au problème du vieillissement. Ces modèles permettent ensuite différentes approches, tant pharmacologiques (recherche de candidats médicaments par criblage de banques de molécules bioactives) que génétiques (identification de nouveaux gènes impliqués dans l’apparition des maladies par criblage de banques génomiques ou de mutants) ou biotechnologiques (mise au point de tests de dépistage chez la levure). Ces différents modèles levures s’inscrivent donc à l’interface entre recherche fondamentale et appliquée : les connaissances et outils créées par la recherche fondamentale sont traduisibles en découvertes pour la recherche biomédicale et les découvertes dans le champ de la biomédecine (molécules actives par exemple) peuvent servir d’outils originaux pour revisiter des mécanismes très fondamentaux. De nombreux exemples seront utilisés pour illustrer la versatilité du modèle levure Saccharomyces cerevisiae

Dr Serge BRAUN
Directeur scientifique de l'Association Française contre les Myopathies

Mercredi 19 novembre 2008
12 h 30 - 14 h 00
Amphi 4 - Faculté de Médecine

Titre de la conférence :

" Nouvelles applications thérapeutiques issues de la connaissance des gènes : du malade au développement industriel ".

Nouvelles applications thérapeutiques issues de la connaissance des gènes: du malade au développement industriel".

CV :
Serge Braun, 48 ans, Pharmacien, Docteur en Pharmacologie (UNIVERSITE LOUIS PASTEUR, Strasbourg).
Dix ans dans le secteur universitaire consacrés aux pathologies neuromusculaires : thèse de recherche sur la myasthénie, puis séjour post-doctoral de deux ans au USC Neuromuscular Center de LOS ANGELES, puis 4 ans à l’Université Louis Pasteur consacrés à l’amyotrophie spinale infantile.
Dix ans dans le secteur privé : en 1995, intègre la société de biotechnologie TRANGENE (Strasbourg), un leader mondial dans le domaine de la thérapie génique et de l’immunothérapie et appartenant au groupe Mérieux, afin d’y lancer un programme de thérapie génique de la myopathie de Duchenne (entièrement financé par l’AFM). Ce projet est actuellement en phase d’essais cliniques ; il a notamment abouti au premier essai de transfert de gène pour la myopathie de Duchenne (en collaboration avec l’Institut de Myologie). Devient Directeur Scientifique de TRANGENE en 2001, dirigeant des projets d’immunothérapie du cancer et de maladies infectieuses (vaccins basés sur des vecteurs viraux portant des gènes spécifiques de tumeurs, de virus oncogènes, des gènes codant des cytokines immunostimulantes ou des gènes « suicides ». Auteur d’une quarantaine de publications et brevets.
Co-fondateur en 1996 d’une société de recherche sur contrat spécialisée dans le domaine des neurosciences (NEUROFIT, fusionnée ensuite avec Neuro3D).
Jusqu’en mars 2005, vice-Président d’Alsace BioValley membre de BioValley trinational (Suisse, Allemagne, France), le second biocluster européen.
Depuis mars 2005 Directeur Scientifique de l’Association Française contre les Myopathies. Cette évolution traduit un engagement de 20 ans aux côtés de l’AFM, notamment en tant qu’ancien boursier de l’Association, responsable de projets de recherche financés par l’association, et bénévole.
Expert pour différents journaux scientifiques de plusieurs consortia et groupements d’intérêts publics et privés français et européens.

Résumé de l’intervention

Le génome humain comporte environ 25000 gènes dont la connaissance de plus en plus précise permet d’orienter de nombreuses recherches thérapeutiques. L’explosion de l’identification des gènes à l’origine de maladies génétiques grâce en particulier aux cartes du génome humain fournies par Généthon, laboratoire créé par l’AFM avec les fonds du Téléthon a amplifié les connaissances d’une multitude de maladies génétiques et de mécanismes biologiques fondamentaux normaux et pathologiques.
Le diagnostic génétique a permis d’améliorer la prévention et la prise en charge de maladies génétiques permettant une réduction de la prévalence de maladies et une augmentation de l’espérance de vie.
Des thérapeutiques par transfert de gènes émergent tant pour le traitement d’affections héréditaires que pour des maladies fréquentes (AMM en Chine dans le cancer tête et cou, et demandes en cours d’examen dans les pays occidentaux pour divers cancers, pathologies cardiovasculaires, et vaccinations), paradoxalement moins complexes à aborder dans ce contexte. Une première AMM se profile pour une maladie génétique (immunodéficience ADA-SCID). 
Directement issue de la connaissance précise des séquences génétiques, de nouvelles stratégies thérapeutiques sont en phase d’essais cliniques chez l’Homme : saut d’exon, translecture de codon stop, permettant de modifier les processus de maturation des ARN messagers et de stimuler ou réprimer l’expression de protéines humaines ou virales, ouvrant des perspectives thérapeutiques majeures.
Une véritable chirurgie du gène, permettant de corriger ou modifier l’ADN directement commence à être explorée en médecine humaine.
De nouvelles applications pharmacologiques sont également développées capables d’agir sur les mécanismes moléculaires identifiés.
Les nombreux exemples d’applications cliniques présentés illustreront l’émergence d’une médecine davantage personnalisée qui viendra s’ajouter à l’arsenal thérapeutique.

Pr Christophe LACROIX
ETH Zurich, Institute of food Science and Nutrition, Suisse

Lundi 17 novembre 2008
10-12 heures -
Faculté de Médecine - Amphi 4

Titre de la conférence : " Développement et applications de nouveaux modèles in vitro de fermentation intestinale. "

Résumé :
L'intestin humain contient environ 1.2 kg de bactéries, représentant de 10 à 100 trillions d'organismes, soit environ 10 fois le nombre de cellules du corps humain. Chaque personne est colonisée par une microflore (microbiote) complexe, très dense et stable, provenant d’au moins 500 à 1000 espèces, dont l’importance en santé est maintenant largement reconnue. Aussi, comprendre la structure et les fonctions de cet écosystème et son évolution sont des questions centrales. De nouveaux modèles in vitro de fermentation intestinale récemment développés à l’ETH Zurich et mettant en jeu des microbiotes fécaux humains immobilisés de sujets sains et infectés seront présentés. Certaines applications de ces modèles, réalisées pour comprendre l’action des « biotiques » (pré-, pro- et antibiotiques) sur la composition et l’activité métabolique du microbiote intestinal chez le bébé, l’enfant et l’adulte seront illustrées.

Franco PAGANI, MD-PhD
International Centre for Genetic Engineering and Biotehnology - Trieste - Italy

                              Vendredi 17 octobre 2008
                                 14h30-16h00
                                  Amphi 4 Faculté de Médecine
                                  22 avenue Camille Desmoulins - Brest

Titre : 
"pre mRNA splicing and disease : diagnostic aspects and basic mechanisms".

Pre mRNA splicing is a key step in the regulation of gene expression and due to its intrinsic complexity susceptible of pathological derangements. There are significant gaps in our knowledge of the precise molecular mechanisms of both constitutive and alternative splicing and characterization of splicing defects involved in human disease can provide novel information. Alterations leading to aberrant splicing events and the correct assessment of potentially disease-causing sequence changes are essential requirements for the design of specific therapeutic and diagnostic approaches. We have characterized aberrant splicing events in several gene systems (cystic fibrosis, long QT syndrome, ataxia-telengectasia, BRCA1, FVII deficiency and Friedreich ataxia) that result from disruption of as yet unknown or poorly characterized splicing modulatory elements. The study of mutations in CFTR and BRCA1 exon identified Composite Exonic Regulatory Elements (CERES) and silencers binding to hnRNPA1/A2 and DAZAP1. Analysis in FVII deficiency provides novel therapeutic strategy to correct donor splice site defects using modified U1 snRNA and the study of GAA repeat expansions in Friedreich Ataxia highlight the importance of intronic regulatory elements in efficient processing of long introns. On the other hand, basic studied on processing of large intronic sequences using artificial cotranscriptional cleavage sequences (ribozymes) indicates a requirement for the continuity of the RNA molecule between intronic regulatory elements and alternatively spliced exons suggesting a possible role of miRNA in efficient processing of nascent transcript.

Titre :
“Epissage de l’ARN pré-messager et maladies: aspects diagnostiques
et mécanismes moléculaires”

L’épissage de l'ARN est une étape clé de la régulation d’expression des gènes. En raison de sa complexité, ce mécanisme est sujet à des modifications à l’origine de pathologies. Une meilleure connaissance des mécanismes moléculaires du contrôle de l’épissage constitutif et alternatif est un enjeu important. Il faut en effet pouvoir reconnaître des altérations de l’épissage associées avec des pathologies afin de disposer à la fois d’approches diagnostiques et thérapeutiques visant à réparer ces épissages alternatifs aberrants. Un ensemble d’analyses sera présenté portant sur la caractérisation des évènements d’épissage dérégulés dans des maladies humaines dont la Mucoviscidose, l’Ataxie Telengiectasie, la déficience en facteur VII et l’Ataxie de Friedreich."

 Docteur Eric STINDEL - LaTIM Inserm U650

" Technologie de l’Information et de la Communication et chirurgie de l’appareil locomoteur ".



                          Vendredi 10 octobre 2008 - 12 h 30 /13 h 45
                                 Faculté de médecine - Amphi 3

Résumé

Les affections de l’appareil locomoteur intéressent plusieurs centaines de millions de personnes à travers le monde. Elles sont la première cause d’incapacité physique permanente. Aux Etats-Unis, elles touchent 1 américain sur 7, sont à l’origine de 3 millions d’hospitalisations par an, de 130,8 millions de consultations, et de 7,5 millions d’interventions chirurgicales. Leur coût direct et indirect était estimé à 254 milliards au cours de l’année 2000.

En Europe, ces chiffres sont identiques, et l’on comprend dès lors, l’importance des enjeux médico-économiques  face à ces pathologies fréquentes, au retentissement fonctionnel important.

Dans ce contexte général, les sciences et techniques de l’information ont pris une place croissante dans les stratégies thérapeutiques, tant à la phase diagnostique que lors de la réalisation des gestes chirurgicaux.

L’activité de recherche menée au sein du LaTIM est centrée sur le développement de la chirurgie assistée par ordinateur en orthopédie. Les aspects amont d’innovations technologiques et algorithmiques y sont abordés comme les aspects aval d’évaluation technologique et clinique.

Notre approche consiste, en effet, à développer des outils génériques multiplicatifs caractérisant l’ensemble des aspects morpho-fonctionnel de l’appareil locomoteur et à les intégrer à des protocoles chirurgicaux informatisés.

Ces outils et solutions de caractérisations, sont évalués techniquement au laboratoire et font ensuite l’objet d’un transfert technologique soit dans le cadre de partenariats industriels soit à travers la mise en œuvre d’une politique d’essaimage.

Après transformation de ces prototypes en produit industriels, et obtention des certifications nécessaires, les solutions développées sont évalués dans le cadre de projets de recherche clinique mettant en jeu une collaboration entre deux unités INSERM, l’U650 (LaTIM) et le CIC du CHU de Brest (U 0502) au travers l’exécution de Programmes Hospitalier de Recherche Clinique.

Au cours de ce séminaire nous nous appuierons sur divers exemples pour décrire ce continuum entre recherche technologique amont et pratique clinique.